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Il 6 agosto 1964 Innsbruck fu elevata al rango di diocesi e fu istituita la diocesi di Bolzano-Bressanone:
la parte tedesca dell'arcidiocesi di Trento venne annessa alla restante diocesi di Bressanone a sud del Brennero. Così in quell'anno giunsero a Bressanone gli studenti di teologia dell'ex area tedesca dell'arcidiocesi di Trento.
Nel 1989 è stato effettuato un nuovo ampliamento dell'edificio per dare congruo spazio ai nuovi istituti di formazione teologica, alla scuola di musica sacra e, non da ultimo, alla crescente biblioteca.
Dal 1998 il Seminario ha ospitato per alcuni anni parte della Facoltà di Scienze della Formazione della Libera Università di Bolzano, fino a quando la Facoltà ha potuto trasferirsi nella nuova sede definitiva.
Nel 2007 si sono svolte le celebrazioni per il 400° anniversario dalla fondazione del Seminario Maggiore.