Es gab wohl schon vor der Verlegung des Bischofssitzes nach Brixen (im 10. Jh.) auf Säben eine Domschule. Karl der Große hatte ja für sein Reich Vorschriften zur Gründung solcher Schulen erlassen und war sehr auf die Durchführung dieser Vorschriften bedacht. Urkundlich nachweisbar ist eine Domschule zur Vorbereitung für den geistlichen Stand aber erst für die Zeit des Bischofs Albuin († 1006). Sie hatte damals bereits ein so bedeutendes Ansehen, dass die Schüler von weit her nach Brixen kamen. Gelehrt wurde - wie überall an den Dom- und Klosterschulen - das Trivium (Grammatik, Dialektik und Rhetorik) und das Quadrivium (Arithmetik, Geometrie, Astronomie und Musik).
Dem großen Reformer, Kardinal Nikolaus Cusanus, der von 1450 bis 1464 Bischof von Brixen war, lag weniger die Domschule als die Fortbildung des Klerus am Herzen. Dazu hat er Diözesansynoden einberufen und sogar ein eigenes Werk verfasst. Weiters versuchte er den Missstand der Wanderpriester, die keiner Diözese zugeordnet waren, abzustellen.
1579 wurde die Domschule durch einen neuen Lehrplan bedeutend verbessert, 1742 wurde die alte Lateinschule in ein modernes Gymnasium umgewandelt.